Recherche par génétique d'association de gènes impliqués dans l'interaction pois x rhizobium - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2018

Research by genome wide association of genes involved in pea x rhizobium interaction

Recherche par génétique d'association de gènes impliqués dans l'interaction pois x rhizobium

Résumé

Nitrogen is an important resource in agronomy; its massive use in the current agronomy has a negative impact on the environment. Legumes have the dual benefit of allowing the production of high-protein seeds without the need for nitrogen fertilizer. The cultivation of legumes, including pea, the most cultivated species in France, however, remains limited, mainly because of the irregularity of their yield. The challenge of the SYMBIOPEA project is to improve the symbiosis between pea and its symbiotic nitrogen-fixing partner Rhizobium leguminosarum sv. viciae (Rlv). This project is based on association genetic analyzes and aims to find genes or QTLs with an impact on nodulation and interaction between pea and rhizobium through a study of a diverse panel of pea accessions inoculated with a mixture of Rlv strains. For each of the variables studied, different mixed models each based on a different type of structuring were tested. All the structures tested were consistent. The choices for each of the Rlv strains are variables that are difficult to analyze by association genetics because they have a rather qualitative profile. As a result, a profile of choice among the Rlv strains was established from a principal component analysis. SNPs in linkage disequilibrium with putative genes of interest were identified for plant growth, the pivot length bearing nodules, and strain selection profile variable.
L’azote est une ressource importante en agronomie ; son utilisation massive dans l’agronomie actuelle a un impact négatif sur l’environnement. Les légumineuses présentent le double intérêt de permettre une production de graines à haute teneur en protéines sans nécessité d’apport d’engrais azoté. La culture des légumineuses, y compris du pois, l’espèce la plus cultivée en France, reste cependant limitée, ceci principalement en raison de l’irrégularité de leur rendement. L’enjeu du projet SYMBIOPEA est d’améliorer la symbiose entre le pois et son partenaire symbiotique fixateur d’azote Rhizobium leguminosarum sv. viciae (Rlv). Ce projet se base sur des analyses de génétique d’association et a pour but de trouver des gènes ou QTL ayant un impact sur la nodulation et l’interaction entre pois et rhizobium par le biais d’une étude d’un panel diversifié d’accessions de pois inoculées par un mélange de souches Rlv. Pour chacune des variables étudiées, différents modèles mixtes basés chacun sur un type différent de structuration ont été testés. Toutes les structurations testées étaient cohérentes. Les choix pour chacune des souches Rlv sont des variables difficiles à analyser par génétique d’association car elles ont un profil plutôt qualitatif. En conséquence, un profil de choix parmi les souches Rlv a été établi à partir d’une analyse en composantes principales. Des SNP en déséquilibre de liaison avec des gènes putatifs d’intérêt ont été identifiés pour la croissance de la plante, la longueur de pivot porteuse de nodosités et la variable de profil de choix de souches.
Fichier principal
Vignette du fichier
208_Delefortrie_Valentin_GGAP.pdf (7.36 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
Loading...

Dates et versions

dumas-02080506 , version 1 (26-03-2019)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-02080506 , version 1

Citer

Valentin Delefortrie. Recherche par génétique d'association de gènes impliqués dans l'interaction pois x rhizobium. Sciences du Vivant [q-bio]. 2018. ⟨dumas-02080506⟩
2189 Consultations
46 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More