Il existe peu de données épidémiologiques récentes sur les infections parasitaires intestinales chez l’Homme en France. Nous avons mené une étude prospective visant à estimer la prévalence de dix protozoaires entériques au CHU de La Timone à Marseille, France, à l'aide d'un diagnostic basé sur la détection de l’ADN de ces parasites par la PCR en temps réel. Un total de 643 prélèvements de selles, provenant de 488 patients, adressées au laboratoire de parasitologie-mycologie du Centre Hospitalo-Universitaire de Marseille sur une période de 6 mois a été inclus. La moyenne d’âge des patients était de 44 ans (intervalle : 0 – 97 ans). En amont de cette étude nous avons comparé le kit manuel le plus représenté dans la littérature QIAmp® DNA Stool Mini Kit (Qiagen) avec une technique semi automatisée alliant prétraitement mécanique, chimique, enzymatique et extraction automatisée par EZ1® (Qiagen). A l’issu de cette étude préliminaire, nous avons choisi d’extraire L'ADN en utilisant la méthode semi-automatisée EZ1® (Qiagen). Les parasites d’intérêt ont été détectés à l’aide de PCR « singleplex » quantitatives (qPCR). Le choix des amorces pour chaque protozoaire a été réalisé à partir d’une recherche bibliographique dans pubmed. Pour les échantillons positifs, le sous-type Blastocystis a été déterminé par analyse de séquence. Au cours de l'étude, la prévalence globale des protozoaires entériques était de 17%. Blastocystis spp. a été l’espèce la plus fréquente (10,5%), suivie par Dientamoeba fragilis (2,3%) et Giardia intestinalis (2,3%). La prévalence des autres protozoaires était inférieure à 1% chacun. Pour Blastocystis spp. les sous types (ST) retrouvés ont été les suivants : le sous-type 3 (ST3) prédominant (43,6%) et les autres sous-types ST1, ST2, ST4 et ST6. A notre connaissance, c'est la première fois qu'un diagnostic basé sur la qPCR est utilisé pour étudier la prévalence de dix protozoaires entériques dans un hôpital universitaire français.