Évaluation des performances du test de quantification de l'ADN du virus de l'hépatite B par GeneXpert Cepheid : application dans la qualification microbiologique des dons d'organes en urgence - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2019

Performance evaluation of the GeneXpert Cepheid hepatitis B virus viral load assay: application in assessment of organ donors eligibility in emergency situations

Évaluation des performances du test de quantification de l'ADN du virus de l'hépatite B par GeneXpert Cepheid : application dans la qualification microbiologique des dons d'organes en urgence

Résumé

According to the World Health Organization, 30% of the world’s population has been infected with hepatitis B virus (HBV), responsible for nearly 700,000 deaths a year. Eligibility criteria for organ donation require HBV testing, like HIV and HCV, which represent an average of 160 screenings per year in Bordeaux Hospital. Accredited laboratories have to provide the results of viral genome screenings, as quickly as possible before transplantation. Recently, new “point-of-care” molecular tests based on single-use cartridges have been developed, allowing rapid viral load (VL) quantification. The aim of our study was to assess the performance of a new point-of-care molecular test for HBV DNA quantification, GeneXpert® Cepheid. The linearity of this quantitative assay was confirmed using serial dilutions of different HBV genotypes samples (r = 0.951 to 1.035). The Xpert HBV results were positively correlated with the reference method Roche HBV Cobas 6800 (r=0.993) for viral loads ranging from 1.46 to 9 log10IU/mL. Among the 93 tested samples, 88 samples (94.6%) showed good agreements between the 2 methods. Three HBV VLs estimated< 10 IU/mL by Cobas 6800 Roche were not detected by HBV Xpert. In conclusion, this test provides HBV viral load results in less than one hour, demonstrates excellent performances and is easy to use, even by unqualified operators, making it suitable for emergency situations. Since its implementation in Bordeaux Hospital, the time to provide HBV VL results for assessment of donor eligibility has been reduced by 20 fold (2.69 hours on average versus 55 hours previously).
L’Organisation Mondiale de la Santé estime que 30% de la population mondiale a été en contact avec le virus de l’hépatite B (VHB), responsable de près de 700000 décès chaque année. Le dépistage du VHB en urgence fait partie du bilan obligatoire de qualification virologique des donneurs d’organes, de même que les dépistages du VIH et du VHC, cette activité représentant en moyenne 160 bilans/an au CHU de Bordeaux. Les instances officielles demandent aux laboratoires de virologie agréés de fournir les résultats des dépistages des génomes viraux dans des délais compatibles avec la greffe. Récemment, des trousses de biologie moléculaire « point-of-care » ont été développées permettant la réalisation des charges virales VIH, VHC et VHB sous forme de tests unitaires. Ce travail avait pour objectif d’évaluer une nouvelle trousse de quantification de l’ADN VHB sur l’automate de biologie moléculaire GeneXpert® (Cepheid). Une étude de linéarité a permis de montrer que, quel que soit le génotype (A-H) du VHB, la quantification de l’ADN VHB restait linéaire (r 0.951 à 1.035). L’étude de corrélation avec la technique de référence utilisée au CHU de Bordeaux (Cobas 6800 Roche), a montré d’excellents résultats avec un r = 0.993 pour la gamme de concentrations étudiée (1,46 à 9 log10UI/mL). Concernant l’étude d’agrément, sur les 93 échantillons testés, 94.6% étaient concordants. Trois plasmas de CV VHB <10 UI/mL sur Cobas ont été retrouvés négatifs en Cepheid. Au total, cette technique permettant le rendu des CV VHB en moins d’une heure, présentait d’excellentes performances, était facile d’utilisation et réalisable en urgence. Sa mise en place au CHU de Bordeaux a permis de réduire le délai de rendu des CV VHB à 2,69 heures versus 55 heures avec le Cobas 6800 Roche pour les bilans de qualification virologique des donneurs d’organes.
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Dates et versions

dumas-02337418 , version 1 (29-10-2019)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-02337418 , version 1

Citer

Jessica Cros-Labrit. Évaluation des performances du test de quantification de l'ADN du virus de l'hépatite B par GeneXpert Cepheid : application dans la qualification microbiologique des dons d'organes en urgence. Sciences du Vivant [q-bio]. 2019. ⟨dumas-02337418⟩
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