Étude moléculaire du gène G complet du virus respiratoire syncytial humain (HRSV) groupe A circulant en Normandie : quinze ans d’évolution - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2019

Fifteen years of evolution of human respiratory syncytial virus (HRSV) subgroup A based on complete G gene, in Normandy, France

Étude moléculaire du gène G complet du virus respiratoire syncytial humain (HRSV) groupe A circulant en Normandie : quinze ans d’évolution

Abstract

Human respiratory syncytial virus (HRSV) is one of the leading agents involved in acute respiratory infections in pediatric patients. There is a great diversity in HRSV genotypes between and within subgroups A and B. HRSV is a RNA virus and experiences frequent genetic modifications. The actual challenge is to develop an effective and safe vaccine and antiviral therapy against HRSV infections. Therefore, molecular epidemiology studies are important to obtain information about circulating genotypes and virus evolution. In this study, complete G gene, coding for surface glycoprotein, of HRSV-A was sequenced. 524 respiratory samples collected during 15 winters (2003-2018) in Normandy region in France were included. HRSV-A were detected by molecular biology assays and then amplified into 2 fragments with 2 primer pairs. These 2 fragments were sequenced and assembled using Sequencher software into one sequence (894 to 966 nucleotides). Phylogenetic analysis of 297 complete G gene sequences using MEGA6, with Neighbor Joining method were performed to infer trees. From 2003 to 2010, major genotype circulating was GA2. ON1 strain, a novel genotype with a 72 nucleotide G gene duplication, was first reported in 2010 in Ontario. In the present study, this genotype was detected for the first time in 2011 winter season. The percentage of ON1 strains increased to reach 100% in 2014. A second emergence of ON1 strain in 2014 was identified by Bayesian analysis. This is the first epidemiologic study reporting HRSV-A evolution in France based on complete G gene sequences.
Le HRSV est l’un des agents le plus souvent impliqué dans les infections respiratoires aigües en pédiatrie. Il existe deux sous-groupes antigéniques, A et B, comprenant une grande diversité génotypique. C’est un virus à ARN, qui subit de fréquentes modifications génétiques. La recherche et le développement de vaccins et de traitements antiviraux sont en cours. De ce fait, l’étude moléculaire du HRSV est indispensable pour la prise en compte de l’évolution du virus. Nous avons étudié l’évolution des génotypes de HRSV-A, à partir du gène G complet, codant pour la glycoprotéine de surface. Nous avons inclus 524 échantillons collectés durant 15 épidémies, de 2003 à 2018, en Normandie. La présence de HRSV-A a été détectée par biologie moléculaire. Le gène G a été amplifié par RT-PCR en 2 fragments par 2 couples d’amorces. Les produits d’amplification ont été séquencés, puis assemblés en une séquence de 894 à 966 nucléotides à l’aide du logiciel Sequencher. L’analyse phylogénétique des 297 séquences G complètes obtenues a été réalisée avec le logiciel MEGA6. Des arbres ont été construits par la méthode de Neighbor Joining. De 2003 à 2010, GA2 était le génotype majoritaire. La première souche ON1, comportant une duplication de 72 nucléotides dans le gène G, a été identifiée en 2010 à Ontario. La première identification de ce génotype dans notre étude date de l’hiver 2011-2012. Le pourcentage de souches ON1 a ensuite augmenté pour atteindre 100% pendant l’hiver 2014-2015. Les analyses bayésiennes ont permis la mise en évidence d’une 2ème émergence de la souche ON1 en 2014. Il s’agit de la première étude épidémiologique française des HRSV-A basée sur la séquence du gène G complet.
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  • HAL Id : dumas-02439147 , version 1

Cite

Justine Moriceau. Étude moléculaire du gène G complet du virus respiratoire syncytial humain (HRSV) groupe A circulant en Normandie : quinze ans d’évolution. Sciences pharmaceutiques. 2019. ⟨dumas-02439147⟩
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