Extension et accréditation d’un test commercial moléculaire pour le diagnostic des infections à Clostridioides difficile - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2019

Extension and accreditation of a molecular commercial test for the diagnosis of Clostridioides difficile infections

Extension et accréditation d’un test commercial moléculaire pour le diagnostic des infections à Clostridioides difficile

Abstract

Clostridioides difficile is the major cause of healthcare-associated diarrhoea. Many different approaches are available for the laboratory detection of C. difficile infection (CDI). European guidelines recommend testing stool samples with a two-step algorithm including, first the detection of glutamate dehydrogenase (GDH) as a screening method and second the detection of toxins. Meridian Bioscience offers an algorithm using enzyme immunoassay (EIA) ImmunoCard® C. difficile GDH followed by a loop-mediated isothermal amplification Alethia C. difficile for toxin gene detection. Amplification inhibitors could impair the results. We developped and validated a toxigenic culture using Alethia if necessary. Implement CDI diagnosis algorithm accreditation according to the ISO 15189 standard is actually difficult for microbiologists. The French commit for the accreditation (COFRAC) produced some guides but did not show an example to follow. We suggest a pre-filled form for the validation of the Meridian Bioscience for CDI diagnosis.
Clostridioides difficile est le principal agent pathogène responsable de diarrhées associées aux soins. Son pouvoir pathogène est conféré par sa capacité à produire des toxines. Les examens de biologie médicale permettant sa détection sont nombreux et réalisés directement à partir d’échantillons de selles. Les recommandations européennes actuelles préconisent d’intégrer ces différentes méthodes au sein d’algorithmes diagnostiques. L’algorithme commercialisé par la société Meridian Bioscience repose sur une première étape de dépistage de l’enzyme glutamate déshydrogénase, par méthode immuno-enzymatique (Immunocard® GDH) suivie d’une étape de confirmation par la mise en évidence des gènes codant pour les toxines par un test d’amplification des acides nucléiques (Alethia C. difficile). Ce dernier peut être mis en échec en cas d’inhibiteur d’amplification. Nous proposons une solution qui consiste à mettre en culture la selle et à réaliser le test Alethia sur des colonies isolées de C. difficile (culture toxigénique ou CT). L’accréditation des laboratoires de biologie médicale est rendue obligatoire par l’article L. 6221-1 du Code de la santé publique. Il est demandé aux laboratoires de réaliser une vérification indépendante sur site pour vérifier les performances des techniques utilisées. Cette vérification s’appuie sur des documents fournis par le Comité français d'accréditation (COFRAC) dont le SH GTA 04. Dans cette thèse, nous nous sommes appuyés sur ce document pour valider le développement de la CT avec le test Alethia. Nous proposons également un exemplaire pré-rempli du SH FORM 43, formulaire de validation de méthode à fournir au COFRAC pour le dépôt d’accréditation.
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Dates and versions

dumas-02447413 , version 1 (21-01-2020)

Identifiers

  • HAL Id : dumas-02447413 , version 1

Cite

Cécile Juillard. Extension et accréditation d’un test commercial moléculaire pour le diagnostic des infections à Clostridioides difficile. Sciences du Vivant [q-bio]. 2019. ⟨dumas-02447413⟩
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