Mise au point d’un test de dépistage des tumeurs séreuses de haut grade chez des femmes à risques. Analyse simultanée des aneuploïdies (CNV) et du statut TP53 sur ADN FFPE tumoral et ADN plasmatique circulant par capture NGS Oneseq - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2020

Development of a screening test for high-grade serous tumours in at-risk women. Simultaneous analysis of aneuploidy (CNV) and TP53 mutations on tumor FFPE DNA and cell free DNA through Oneseq NGS capture

Mise au point d’un test de dépistage des tumeurs séreuses de haut grade chez des femmes à risques. Analyse simultanée des aneuploïdies (CNV) et du statut TP53 sur ADN FFPE tumoral et ADN plasmatique circulant par capture NGS Oneseq

Louis Lebreton

Abstract

High grade serous carcinomas (HGSC) are poor prognostic cancers that are more likely to occur in women at risk, carrying a deleterious mutation in a predisposition gene. Periodic follow-up of these at-risk women with an adapted screening test could allow early diagnosis to improve the prognosis. The genetics of HGSC is characterized by the association of a mutation on the TP53 gene in 95% of cases, and numerous aneuploidies (amplifications, gains or losses of DNA). Our work consisted in using the Oneseq NSG process to evaluate the feasibility of a screening test detecting these abnormalities in the cell-free DNA (cfDNA) of women at risk of HGSC. The sample consisted of 15 patients with HGSC for whom we have tumor FFPE DNA and a sample of cfDNA. The Oneseq NGS process was first developed on FFPE DNA in comparison with an SNP array technique, and found 14/15 patients (93%) with a TP53 mutation and 13/15 (87%) with tumor aneuploidies. The tumor origin of the aneuploidies was confirmed by comparison with the TCGA datas (The Cancer Genome Atlas). These results show that the Oneseq NGS is relevant for HGSC FFPE DNA analysis, with simultaneous detection of aneuploidies and point mutations. In the second part, the analysis by Oneseq NGS of cfDNA samples from sick patients did not detect genetic abnormalities of tumor origin. An evaluation of the sensitivity of detection of aneuploidies and TP53 mutations in cfDNA suggests that Oneseq NGS is not suitable for the early detection of HGSC in at-risk women.
Les carcinomes séreux de haut grade (HGSC) sont des cancers de mauvais pronostic plutôt retrouvés chez les femmes à risques, porteuses d’une mutation délétère sur un gène de prédisposition. Le suivi périodique de ces femmes à risque par un test de dépistage adapté pourrait permettre d’effectuer un diagnostic précoce pour améliorer le pronostic. La génétique des HGSC est caractérisée par l’association d’une mutation sur le gène TP53 dans 95% des cas, et de nombreuses aneuploïdies (amplifications, gains ou pertes d’ADN). Notre travail a consisté à utiliser la technique de NGS Oneseq pour évaluer la faisabilité d’un test de dépistage détectant ces anomalies dans l’ADN plasmatique circulant (cfDNA) des femmes à risque de HGSC. L’échantillonnage comporte 15 patientes atteintes de HGSC pour lesquelles nous disposons de l’ADN FFPE tumoral et d’un échantillon de cfDNA. La technique NGS Oneseq a tout d’abord été mise au point sur ADN FFPE par comparaison avec une technique de SNP array, et a retrouvé 14/15 patientes (93%) avec une mutation TP53 et 13/15 (87%) avec des aneuploïdies tumorales. L’origine tumorale des aneuploïdies a été confirmée par comparaison avec les données du TCGA (The Cancer Genome Atlas). Ces résultats montrent que le NGS Oneseq est pertinent pour l’analyse d’ADN FFPE tumoral des HGSC, avec une détection simultanée d’aneuploïdies et de mutations ponctuelles. En deuxième partie, l’analyse par NGS Oneseq des échantillons de cfDNA des patientes malades n’a pas permis de détecter d’anomalies génétique d’origine tumorale. Une évaluation de la sensibilité de détection des aneuploïdies et des mutations du gène TP53 dans le cfDNA suggère que le NGS Oneseq n’est pas adapté au dépistage précoce des HGSC chez les femmes à risque.
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dumas-02937649 , version 1 (14-09-2020)

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  • HAL Id : dumas-02937649 , version 1

Cite

Louis Lebreton. Mise au point d’un test de dépistage des tumeurs séreuses de haut grade chez des femmes à risques. Analyse simultanée des aneuploïdies (CNV) et du statut TP53 sur ADN FFPE tumoral et ADN plasmatique circulant par capture NGS Oneseq. Sciences du Vivant [q-bio]. 2020. ⟨dumas-02937649⟩
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