Diversité des QTL et haplotypes de résistance à Aphanomyces euteiches chez le pois protéagineux (Pisum sativum) - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2020

Diversity of QTL and haplotypes associated with resistance to Aphanomyces euteiches in pea (Pisum sativum)

Diversité des QTL et haplotypes de résistance à Aphanomyces euteiches chez le pois protéagineux (Pisum sativum)

Théo Leprévost

Abstract

Aphanomyces euteiches is the most damaging soilborne pea pathogen in France. Breeding of resistant varieties combining a diversity of partial resistance QTL is a promising strategy due to recent research achievements. The objective of this study was to analyze the diversity of QTL and haplotypes for resistance to A. euteiches in new sources of resistance in peas. A QTL analysis was performed in the Advanced Backcross population Eden (susceptible) x E11 (resistant), genotyped using 993 SNP markers and phenotyped for resistance in controlled conditions and in the field. A whole genome association analysis (GWA) in the pea Aphanomyces collection (Desgroux et al., 2016) was updated using 1,850 additional SNP markers, including 440 SNPs common to the Eden x E11 population analysis. A total of 14 and 28 resistance QTL were identified by QTL and GWA analysis, respectively, validating most of the previously reported QTL. No new consistent resistance QTL was detected in the Eden x E11 population. A high diversity of haplotypes was identified at 11 consistent haplotype blocks in 14 new sources of resistance present in the Aphanomyces collection. An accumulation of favorable haplotypes at these 11 regions was confirmed in the most resistant lines of the collection. This study provides new SNP markers and new haplotypes associated with resistance QTL, of potential interest for improving resistance levels to A. euteiches in future pea varieties.
Aphanomyces euteiches est l’agent pathogène tellurique du pois le plus préjudiciable en France. La création de variétés résistantes cumulant une diversité de QTL (Quantitative Trait Locus) de résistance partielle est une solution prometteuse du fait des récents acquis de la recherche. Ce travail de stage a visé à analyser la diversité des QTL et haplotypes de résistance à A. euteiches dans de nouvelles sources de résistance chez le pois. Une analyse QTL a été réalisée dans la population de Backcross Avancée « Eden (sensible) x E11 (résistant) », génotypée à l’aide de 993 marqueurs SNP et phénotypée pour la résistance en conditions contrôlées et au champ. Une analyse d’association génome entier (GWA) dans la collection Aphanomyces de pois (Desgroux et al., 2016) a été revisitée avec 1 850 marqueurs SNP supplémentaires dont 440 marqueurs communs à l’analyse de la population Eden x E11. Un total de 14 et 28 QTL de résistance ont été identifiés, respectivement, par analyse QTL et GWA, validant la plupart des QTL précédemment reportés. Aucun nouveau QTL de résistance consistant n’a été détecté dans la population BAv. Une diversité élevée d’haplotypes a été mise en évidence à 11 blocs haplotypique « consistants » au sein de 14 nouvelles sources de résistance présentes dans la collection. Cette étude apporte de nouveaux marqueurs SNPs et de nouveaux haplotypes associés aux QTL de résistance, d’intérêt potentiel pour améliorer les niveaux de résistance à A. euteiches dans les futures variétés de pois.
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Cite

Théo Leprévost. Diversité des QTL et haplotypes de résistance à Aphanomyces euteiches chez le pois protéagineux (Pisum sativum). Sciences du Vivant [q-bio]. 2020. ⟨dumas-03173157⟩
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