L'incidence des infections fongiques est en constante augmentation. Avec l'évolution des connaissances, le spectre des champignons reconnus comme pathogènes pour l'Homme s'élargit. L'identification rapide et précise au rang d'espèce reste un challenge technologique. Ainsi, il a été décidé au laboratoire de mycologie du CHU de Rouen de mettre en place une techn'ique de séquençage panfongique.
La procédure technique retenue a été la suivante : extraction par EZ1 DNA Tissue kit (Qiagen), amplification PCR à l'aide des amorces ITS1/ITS4 (ITS) LROR/LR5 (LSU) ou EF1-1018F/EF1-1620R (TEF1-alpha), révélation des amplicons sur gel d'agarose, purification et PCR séquence puis séquençage par méthode Sanger en capillaire et analyse des données via GenBank.
Nous avons appliqué cette technique à 53 souches recueillies au laboratoire sur l'année 2019/2020 en échec d'identification. L'utilisation en première intention de la région ITS puis des régions LSU et TEF1- alpha en seconde intention a permis une identification précise au rang d'espèce de près de 89% des souches. Les performances sont donc satisfaisantes.
La principale cause de non-identification a été une lacune de la base de données GenBank lors de l'alignement avec les séquences obtenues et celles référencées présentant des données incomplètes, erronées ou manquantes. Les souches identifiées dans ce travail sont majoritairement des pathogènes connues ou possibles, c'est-à-dire encore peu décrits en pathologie humaine mais probablement à cause de leur difficulté d'identification. Ces espèces ont principalement été isolées de patients immunodéprimés, atteints de la mucoviscidose ou BPCO. Ainsi ce travail de thèse a abouti à la mise en place effective d'une technique de séquençage panfongique qui sera utilisée en complément des techniques actuelles d'identification fongique du laboratoire et permettra d'élargir les informations à fournir au clinicien pour une meilleure prise en charge du patient.