Development of an R Shiny application for the visualization of the results of biomarker data analyses
Développement d'une application R Shiny pour la visualisation de résultats d'analyse de données biomarqueurs
Abstract
Omic biomarker data are more and more easy and quick to collect, and therefore very numerous and weighty. The main questions for these biomarkers in clinical trials are to study if they are regulated by treatment over time, predictive of response to treatment, and/or prognostic of disease progression. The results of these analyses represent a large amount of graphs and data, which leads to the issue: how to visualize and communicate them? As an answer to this issue, an R Shiny application, Biomarker Interactive Output explorer (BIOexplorer), is being developed at Sanofi. This application already allowed the visualization of clinical data and results of the three omics analyses mentioned above. The goal of the internship was mainly to develop two new sections presenting two new types of analyses. The first one is a correlation analysis between biomarkers at baseline and clinical variables at baseline. The second one is a gene pathway analysis, that allows a more global and functional interpretation of the results of the preliminary analyses (regulated/predictive/prognostic biomarkers). The method developed in the application and presented in the report is Over-Representation Analysis (ORA), which is based on the selection of a list of differentially expressed genes. Thanks to numerous filters, interactive graphs (barplot, dotplot, enrichment map) and an interactive table, the "ORA" tab is an ideal machine-user interface for the visualization and communication of ORA results.
La génération de données biomarqueurs omiques se fait de plus en plus rapidement et facilement, ce qui entraîne une multiplication de leur quantité et de leur taille. Les analyses principales les concernant lors des études cliniques sont de déterminer s’ils sont régulés par le traitement au cours du temps, prédictifs de la réponse au traitement, pronostiques de l’évolution de la maladie. Les résultats de ces analyses représentent une importante quantité de graphiques et données, ce qui induit un questionnement sur la manière de les visualiser et communiquer. C’est pourquoi une application R Shiny, Biomarker Interactive Output explorer (BIOexplorer), est en cours de développement chez Sanofi. Cette application permettait déjà la visualisation des données cliniques et des résultats des analyses omiques citées précédemment. Le but du stage a été de développer un onglet d’analyse de corrélations entre les variables cliniques et les biomarqueurs avant traitement ; ainsi qu’un onglet d’analyse de pathways de gènes qui permet une interprétation plus globale et fonctionnelle des résultats des analyses préliminaires (biomarqueurs régulés/prédictifs/pronostiques). La méthode développée dans l’application et présentée dans le rapport est l’Over-Representation Analysis (ORA), qui se base sur la sélection d’une liste de gènes d’intérêt. Grâce à de nombreux filtres, des graphiques interactifs (barplot/dotplot/carte d’enrichissement) et un tableau interactif, l’onglet « ORA » est une interface machine-utilisateur idéale pour la visualisation et communication des résultats d’ORA.
Fichier principal
2021_LagroydeCrouttedeSaintMartin_Anne-Victoire_Statistiques-Sciencesdedonnees.pdf (1.72 Mo)
Télécharger le fichier
Origin | Files produced by the author(s) |
---|