Pneumocystis jirovecii est un pathogène opportuniste omniprésent dans la population appartenant au règne des champignons. Il est l’agent de la pneumocystose pulmonaire, une maladie infectieuse qui affecte essentiellement les personnes immunodéprimées, dont l’incidence des cas ne cesse d’augmenter dans la population non-VIH. C’est également un agent colonisateur fréquent des voies respiratoires chez les individus sains, exposant particulièrement la population atteinte de maladies pulmonaires chroniques, et ayant pour risque principal l’exacerbation de la maladie pulmonaire sous-jacente. Le but de ce travail a été, dans un premier temps, de réaliser un état des lieux des connaissances sur Pneumocystis jirovecii afin de retracer l’histoire du pathogène et de mieux appréhender la physiopathologie liée à la colonisation des voies respiratoires. Les mécanismes immunologiques pulmonaires sont mal connus, les recherches étant réalisées essentiellement chez les espèces animales de Pneumocystis spp. car entravées par l’incapacité de cultiver le pathogène in vitro. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés davantage aux patients atteints de maladie pulmonaire chronique d’ailleurs prédisposés à la colonisation par Pneumocystis jirovecii. L’inflammation pulmonaire provoquée par le pathogène lui-même et majorée par la maladie pulmonaire sous-jacente est susceptible de provoquer l’exacerbation, nécessitant un traitement supplémentaire et une prise en charge précoce. Afin de mieux discerner les facteurs et les populations à risque d’exacerbation, nous avons réalisé une étude épidémiologique sur 8 ans à l’AP-HM, portant sur 55 patients atteints de maladie pulmonaire chronique et ayant une détection positive de Pneumocystis jirovecii. Ce travail a ainsi permis de développer un protocole de recherche clinique collaboratif entre le service de Pneumologie de l’hôpital Nord et le laboratoire de Parasitologie et Mycologie de l’IHU de Marseille. L’objectif, dont les résultats seront rassemblés dans un travail ultérieur, est de réaliser une recherche systématique de Pneumocystis jirovecii dans les voies respiratoires des patients atteints de maladie pulmonaire chronique en combinant la technique de PCR salivaire et le dosage du (1→3)-D-glucane sérique. Le but ultime est de dépister précocement un éventuel portage et de prévenir l’exacerbation chez les patients atteints de maladie pulmonaire chronique à Pneumocystis jirovecii.