Introduction : la pandémie due au SARS COV 2 a profondément impacté le système de santé français et notamment les soins primaires. Elle a engendré de nombreuses incertitudes et de nombreux débats sur l’attitude à adopter vis-à-vis de celle-ci. C’est notamment le cas à Marseille, qui par sa proximité avec l’IHU, a cristallisé la polémique au sein de cette controverse scientifique mondiale. L’objectif de notre étude était de mettre en lumière les difficultés rencontrées par les médecins généralistes Marseillais face à cette pandémie et d’explorer la manière dont ils ont résolu leurs dilemmes dans ce contexte particulier de proximité avec l’IHU. Méthode : une étude qualitative longitudinale a été menée par cinq chercheurs par des entretiens semi-dirigés auprès de cinquante médecins généralistes des Bouches-du-Rhône, seize d’entre eux ont été réinterrogés à distance. Résultats : la pandémie de la COVID-19 a mis les médecins généralistes en difficulté par la grande incertitude qu’elle représentait, que ce soit sur le plan diagnostique ou thérapeutique. Cette période d’incertitude était également marquée par une certaine défiance vis-à-vis des autorités sanitaires avec des médecins généralistes pointant du doigt les recommandations parfois éloignées de la réalité du terrain. La polémique sur l’hydroxychloroquine a quant à elle engendré un clivage chez les médecins interrogés. Sur ce point la plupart des médecins généralistes ont suivi les recommandations nationales avec une majorité de médecins n’ayant pas prescrit l’hydroxychloroquine. Ils n’ont cependant pas hésité à avoir recours à l’IHU qu’ils ont considéré comme le véritable centre de référence de cette pandémie. Conclusion : la crise sanitaire de la COVID-19 a profondément impacté l’exercice du médecin généraliste et plus particulièrement à Marseille. Dans ce contexte de controverse et d’incertitude l’approche centrée-patient s’est vu renforcée avec, pour le médecin généraliste, un véritable rôle d’accompagnement à la prise de décision par le patient. Cette crise a mis en évidence des conflits potentiels entre deux grands principes que sont l’approche centrée patient et la médecine fondée sur les preuves.