Mise au point d'une technique combinée de génotypage et de recherche de résistances aux antiviraux pour le virus herpes simplex de type 1 - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2021

Mise au point d'une technique combinée de génotypage et de recherche de résistances aux antiviraux pour le virus herpes simplex de type 1

Résumé

L’Herpes Simplex Virus 1 est un virus ubiquitaire dont les formes cliniques, observées au cours de la primo-infection ou de réactivations ont une sévérité variable allant de formes asymptomatiques à sévères. Des résistances aux molécules antivirales pouvant avoir des conséquences cliniques chez l’immunodéprimé ont été décrites et sont la dues à des mutations dans les gènes UL23 et UL30 codant respectivement la thymidine kinase et l’ADN polymérase virales. Documenter ces résistances permet souvent d’améliorer la prise en charge thérapeutique. Le génotypage des souches circulantes permet de documenter dans certains cas le mode de transmission du virus et de différencier une réinfection d’une réactivation. Combiner le génotypage et la recherche des mutations de résistance donne la possibilité d’établir des associations entre le génotypage et le phénotype de résistance, de détecter des mutations de résistances sans conséquences cliniques. L’objectif de ce travail a été de développer un système de PCR multiplex permettant d’amplifier des zones hypervariables du génome de l’HSV 1 et les gènes UL23 et UL30. Le choix des régions à séquencer et le design des amorces ont été des points clés. Le séquençage par NGS en Ion torrent a permis d’obtenir une séquence consensus nécessaire au génotypage et à la recherche des mutations de résistance mais également d’identifier ces mutations dans des sous populations virales. La sensibilité de la technique doit être encore améliorée. Il est également nécessaire de mettre en place prospectivement une banque de séquences afin de préciser le génotypage et d’établir un outil bio-informatique permettant l’analyse des mutations de résistance.
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  • HAL Id : dumas-04529371 , version 1

Citer

Maëlia Etoundi. Mise au point d'une technique combinée de génotypage et de recherche de résistances aux antiviraux pour le virus herpes simplex de type 1. Sciences pharmaceutiques. 2021. ⟨dumas-04529371⟩
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