Etude des coronavirus du furet domestique (Mustela putorius furo) en France et en Belgique : éléments d’épidémiologie et diversité génétique - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2020

Coronavirus in the domestic ferret (Mustela putorius furo) in France and Belgium : elements of epidemiology and genetic diversity

Etude des coronavirus du furet domestique (Mustela putorius furo) en France et en Belgique : éléments d’épidémiologie et diversité génétique

Résumé

Ferret coronaviruses (FRCoV) are responsible for two diseases: epizootic catarrhal enteritis (ECE) and systemic coronavirosis. Phylogenetic links between enteric (FRECV) and systemic (FRSCV) pathotypes remain unclear. FRCoV epidemiology has been studied in a few countries but the situation in France and Belgium is currently unknown. We received faecal and tissue samples from 135 ferrets and detected FRCoV by conventional RT-PCR targeting a partial sequence of the RNA-dependant RNA polymerase (RdRp) gene. Positive samples were also screened for two S gene sequences corresponding to previously described genotypes. All amplicons were sequenced by Sanger method and analysed phylogenetically. The population studied has a 7.4% positivity rate, which is much lower than rates documented in Japan (55.7%), the Netherlands (61%) and in a mixed Dutch-Swedish population (36%). No significant correlation was found between FRCoV detection and age, sex, outdoor access or clinically suspected coronavirosis. Half of the positive ferrets showed no clinical signs, underlining the importance of asymptomatic carriage. Positivity rate in ferrets living with at least one cat is significantly higher (19%, p=0.03), suggesting a possible cross-species transmission. Phylogenetical analysis of detected and published sequences demonstrates that European strains cluster rather closely together, away from American and Japanese strains. It also shows the absence of correlation between genotypes (for the sequence studied) and clinically identified pathotypes.
Les coronavirus du furet (FRCoV) sont responsables de deux affections : l'entérite catarrhale épizootique et la coronavirose systémique. Les liens phylogénétiques entre les virus de pathotypes entérique (FRECV) et systémique (FRSCV) ne sont pas entièrement élucidés. La situation épidémiologique concernant ces virus a été étudiée dans plusieurs pays mais n'est pas connue en France et en Belgique. Nous avons reçu des prélèvements fécaux et tissulaires issus de 135 furets et détecté la présence de FRCoV dans ces échantillons par RT-PCR conventionnelle ciblant une portion du gène codant pour l'ARN polymérase ARNdépendante (RdRp). Pour les prélèvements positifs, nous avons également recherché deux séquences du gène S associées à des génotypes précédemment décrits. Tous les amplicons ont été séquencés par méthode Sanger et analysés phylogénétiquement. La population étudiée présente un taux de positivité de 7,4 % (10/135), ce qui est bien inférieur aux taux décrits au Japon (55,7 %), aux Pays-Bas (61 %) et dans une population mixte néerlandaise et suédoise (36 %). La détection de FRCoV s'est révélée sans association significative avec l'âge, le sexe, l'accès à l'extérieur ou la suspicion clinique de coronavirose. La moitié des animaux positifs ne présentaient pas de signes cliniques, ce qui souligne l'importance du portage asymptomatique. Le taux de positivité chez les furets vivant avec au moins un chat est significativement supérieur (19 %, p=0,03), ce qui suggère une possible transmission inter-espèces. L'analyse phylogénétique des séquences détectées et des séquences disponibles démontre une relative proximité des souches d'origine européenne entre elles, à distance de celles provenant du Japon et des États- Unis. Elle met également en évidence l'absence de corrélation entre le génotype (sur la séquence étudiée) et le pathotype identifié cliniquement.
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Citer

Clément Bercker. Etude des coronavirus du furet domestique (Mustela putorius furo) en France et en Belgique : éléments d’épidémiologie et diversité génétique. Médecine vétérinaire et santé animale. 2020. ⟨dumas-04532175⟩
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