Mémoires Année : 2024

Évaluation d’un algorithme de détection simplifié des infections urinaires masculines dans une base de données en soins primaires : Primege Normandie

Résumé

En soins primaire peut permettre des études à grande échelle mais l’identification des IUM peut s’avérer difficile surtout en l’absence de code diagnostic. Objectifs : L’objectif de recherche était de développer un algorithme simplifié. L’objectif secondaire était d’évaluer sa précision par rapport à un algorithme utilisant les codes diagnostics.
Méthodes :
Les données de consultations des hommes, âgés de plus de 18 ans, sur la période de 2012 à 2022, dans la base de données en soins primaires PRIMEGE ont été extraites. Les données ont été identifiées par deux méthodes. Le gold standard combinant les diagnostics et symptômes d’IUM référencé par un code CISP-2 et mots textuels avec la prescription d’un antibiotique d’intérêt. L’algorithme simplifié utilisant la prescription d’un ECBU associé à la prescription d’un antibiotique d’intérêt dans les 15 jours. Puis les consultations identifiées ont été regroupées par épisode d’IUM suspectés et traités. Un tableau de contingence entre les deux algorithmes a été réalisé pour évaluer la précision, le rappel et le score F1 de l’algorithme simplifié. Pour les données qualitatives un test du Khi2 a été réalisé. Pour les variables quantitatives continues un test ANOVA a été réalisé.
Résultats :
2 027 épisodes d’IUM suspectés et 696 épisodes traités ont été identifiés grâce à l’algorithme « gold standard ». L’algorithme simplifié a identifié 1 447 épisodes suspectés et 295 traités. 105 épisodes ont été retrouvés à la fois par l’algorithme simplifié et par le gold standard. La précision de notre algorithme simplifié est de 35,6 % et son rappel de 15,1 %. Le score F1 calculé est de 26,1 % semblant prouver que notre algorithme est peu performant. Il existe une différence significative (p<0,001) entre le nombre de prescription des différents antibiotiques selon la méthode de détection. Cependant la comparaison des pourcentages montre une répartition homogène de leur prescription.
Conclusion :
L’algorithme simplifié s’est avéré peu performant et peu précis. Nous avons malgré tout retrouvé une distribution harmonieuse des prescriptions antibiotiques entre les deux algorithmes ce qui semble prouver que les épisodes détectés par l’algorithme simplifié puissent être des IUM. De nombreux problèmes de structuration de la base de données PRIMEGE ont été mis en évidence. Ils peuvent expliquer ce manque de précision. Un travail avec le médecin responsable de cette base peut permettre de l’améliorer dans le cadre du projet P4DP.
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Dates et versions

dumas-04630561 , version 1 (01-07-2024)

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Citer

Étienne Ridel. Évaluation d’un algorithme de détection simplifié des infections urinaires masculines dans une base de données en soins primaires : Primege Normandie. Médecine humaine et pathologie. 2024. ⟨dumas-04630561⟩
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