Involment of bovine enterovirus in calf scours, a study on samples with new generation sequencing
Implication des entérovirus bovins dans les diarrhées du veau : étude d'échantillons par séquençage nouvelle génération
Abstract
Calf scours account for the most prevailing disorder in cattle breeding, entailing major economic losses in the world. They can be either infectious diseases, due to bacteria, virus or parasites, or non-infectious diseases, mainly foodborne. Calf scours’ etiology is most of the time multifactor, which
complicates the verifying of Koch’s postulates and Hill’s criteria that is essential to be able to associate one cause with one condition. Bovine enterovirus, belonging to the Picornaviridae family, is a small ARN virus that is highly resistant and ubiquitous in the environment, particularly in bovine farms where it is potentially involved in calf scours. Little information is available but it is often considered as lowly virulent, being identified in many clinically sound bovine animals. However, since it has been discovered in the 1950s, several cases of diarrhea have been reported where this virus was identified. A study taking place in the department of Pas-de Calais in the North of France on 16 head of cattle with mainly chronic diarrhea, identified 15 enterovirus belonging to the 2 major families currently acknowledged (Enterovirus E or F), thanks to new generation sequencing. Nevertheless, it is difficult to fully and only involve this virus in the diseases identified on-farm.
Les diarrhées chez le veau constituent la plus grande dominante pathologique dans les cheptels bovins et causent des pertes économiques majeures dans les élevages du monde entier. Celles-ci sont d’origine infectieuse, pouvant être causées par des bactéries, des virus ou encore des parasites, ou non-infectieuse incluant essentiellement des causes alimentaires. L’étiologie des diarrhées chez le veau est dans la très grande majorité des cas multifactorielle ce qui complique l’établissement des postulats de Koch et des critères de Hill, fondamentaux pour permettre d’associer une cause à une pathologie. Les entérovirus bovins, virus de la famille des Picornaviridae, sont de petits virus à ARN très résistants dans l’environnement omniprésents dans les élevages bovins et dans l’environnement qui font partie des potentielles causes de diarrhées chez le veau. Très peu de choses sont connues sur ces virus et ils sont très souvent considérés comme peu virulents et identifiés chez de très nombreux bovins cliniquement sains. Cependant plusieurs cas de diarrhées où ces virus ont été identifiés ont été recensés depuis leur découverte dans les années 1950. Une étude menée dans le Pas-de-Calais sur 16 bovins présentant dans la majorité des cas des diarrhées chroniques a permis l’identification de 15 entérovirus bovins appartenant aux deux espèces d’entérovirus bovins reconnues aujourd’hui (Enterovirus E et Enterovirus F) par séquençage nouvelle génération. Il est cependant difficile d’incriminer complètement et uniquement ces virus dans les affections retrouvées sur le terrain.
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