Cyclospora cayetanensis est un parasite protozoaire responsable de diarrhées prolongées partout dans le monde. Ce parasite intestinal est monoxène et se transmet par voie fécale-orale, il est spécifique de son Hôte, l’Homme. Il alterne entre une forme de résistance dans le milieu extérieur (l’oocyste) et une forme de prolifération (le sporozoïte) au niveau des cellules épithéliales intestinales de son Hôte. Il se distingue des autres coccidies par la durée prolongée des diarrhées qu’il entraîne (de quelques semaines à quelques mois selon le statut immunitaire). Les oocystes de C. cayetanensis sont immatures à l’excrétion dans les selles et nécessitent entre 7 à 10 jours dans l'environnement sous des conditions favorables pour sporuler. Ce délai de sporulation implique que la contamination directe entre individu n’est pas possible. Le diagnostic est obtenu par l’examen parasitologique des selles en microscopie ou par PCR, il n’existe pas de test sérologique actuellement. La mortalité induite par la cyclosporose est faible, seul quelques décès ont été rapportés dans la littérature. Le traitement de première intention est le cotrimoxazole et il n’y a pas de vaccin disponible. Cette coccidie est particulièrement prévalente dans les pays en voie de développement des zones tropicales et subtropicales où la morbidité est plus importante pour les enfants de moins de5 ans et les patients immunodéprimés. Dans les pays industrialisés, les cas recensés sont principalement dû à des patients en retour de voyage en zone d’endémie. De nombreuses épidémies sont recensées et sont principalement liés à la consommation de produits frais importés contaminées par C. cayetanensis. Ces épidémies touchent particulièrement l’Amérique du Nord où des épidémies de quelques centaines à milliers de cas sont recensées chaque année depuis le milieu des années 90. La prévalence de la cyclosporose est mal définie notamment en France où la déclaration des cas n’est pas obligatoire et où cette parasitose reste peu connue.
Des zones d’ombres subsistent sur ce parasite, notamment sur son cycle et les conditions nécessaires à sa sporulation dans l’environnement. L’étude de C. cayetanensis est entravée par l’accès limité à des oocystes car on ne peut l’isoler qu’à partir d’échantillons de selles d’humains infectés. Du fait de sa spécificité d’Hôte, aucun modèle de culture in vivo ou in vitro n’a pu être mis au point jusqu’à présent. Grâce à la comparaison des génomes de différentes souches, il est désormais plus facile de retracer l’origine des infections, permettant une meilleure gestion des épidémies. Cependant, malgré la publication de 41 génomes distincts de C. cayetanensis dans la littérature, ce nombre reste insuffisant pour une compréhension approfondie de la structure génétique des populations, ainsi que l’évolution temporelle et géographique du parasite. Il est nécessaire d’accroître le nombre de données génomiques pour répondre à ces questions clés sur l’évolution, la diversité génétique et l’adaptation du parasite. Cette expansion des ressources génomiques fournira des informations cruciales pour le développement de nouvelles stratégies de lutte contre C. cayetanensis, notamment dans le cadre de la conception de traitements ciblés et de la mise en place de mesure de prévention.