Cryptosporidium spp. est un parasite intracellulaire, qui résiste de façon prolongée à l'environnement grâce à ses structures de résistance : les oocystes. Il infecte aussi bien les animaux que les humains et est responsable d'un syndrome gastro-entérite chez la plupart des espèces, notamment chez les individus immunodéprimés ou jeunes. Il s'agit d'un parasite cosmopolite dans le monde, régulièrement à l'origine d'épidémies, dont les voies de contaminations sont principalement hydriques et alimentaires et dont l'origine est souvent imputée aux animaux, et plus particulièrement aux bovins ou aux petits ruminants considérés réservoirs du parasite. Ces derniers sont alors des sources potentielles d'infection parasitaires pour l'Homme. L'évolution de la biologie moléculaire, des techniques de diagnostic, de surveillance et les efforts mondiaux en termes de recherche scientifique nous permettent d'en apprendre plus et de comprendre l'épidémiologie du parasite chez les petits ruminants. Cryptosporidium spp. est principalement représenté par C. parvum, où la famille IIa circule principalement en Europe et la IId en Chine, C. xiaoi qui circule beaucoup en Asie et notamment en Chine chez les caprins ainsi qu'en Australie chez les ovins, et enfin C. ubiquitum, qui est moins représenté mais présent partout. Le sous-type le plus virulent est celui de C. parvum, IIa15G2R1, qualifié de « hypertransmissible ». Ce dernier circule en Europe et notamment en France chez les petits ruminants. A l'heure actuelle, aucun traitement avec AMM n'existe pour soigner et prévenir la cryptosporidiose chez les petits ruminants. Du fait de la morbidité importante du parasite et de sa mortalité potentielle notamment chez les jeunes, Cryptosporidium spp. est à l'origine de pertes économiques majeurs dans les élevages, de par les symptômes qu'il déclenche mais également par les conséquences invisibles qu'il peut avoir sur la croissance des animaux atteints par modification du microbiote. D'autant plus qu'on se rend compte qu'une part non négligeable de l'épidémiologie de Cryptosporidium spp. est liée à portage asymptomatique, et à la dissémination dans l'environnement d'oocystes infectants, notamment aux alentours des périodes de parturition. L'enjeu est donc de développer des traitements efficaces et de nombreux candidats sont actuellement testés, le Clinoptilolite ainsi que le Chitosan permettent d'aider à gérer cette parasitose, mais l'arrivée d'un vaccin, très récemment développé chez les bovins, pourrait permettre de prévenir de façon efficace cette dernière.