Alu sequences: literature review and study of the reactivity of a commercial probe by in situ hybridization on tissues from several animal
Les séquences alu : synthèse bibliographique et étude de la réactivité d'une sonde commerciale par hybridation in situ sur les tissus de plusieurs espèces animales
Abstract
Alu sequences are a type of repeated sequences found within the genome of primates. There are several types, some of which are species-specific. In a forensic context, it is sometimes necessary to determine whether a found organ is of human or animal origin, and the use of probes for in situ hybridization that recognize Alu sequences can help answer these questions. Ideally, the probe should only recognize human tissues and not those of other primate species, especially species whose size is close to that of humans (great apes). The objectives of this work were 1) to conduct a literature review on Alu sequences and 2) to study the reactivity of a commercial Alu probe on tissues from various species of great apes and other non-primate animal species through in situ hybridization, in order to determine whether this Alu probe could differentiate human organs from those of great apes. Samples from ten species of great apes and eight non-primate species were included in this retrospective study. Each species was represented by two individuals, except for the bonobo and the non-primate species, where only one individual was available. In situ hybridization using the Alu probe was performed automatically on formalin-fixed and paraffin-embedded organs. All primate tissues, except those from the bonobo, were partially marked by the Alu probe, with between 18 % and 95 % of cells testing positive. Tissues from non primate species showed no staining by the Alu probe. This study demonstrated partial reactivity of the commercial Alu probe in nine species of great apes: gorilla, chimpanzee, orangutan, baboon, mandrill, colobus, macaque, gibbon, and gelada. The absence of positive reaction in the tissues of the single bonobo studied is difficult to interpret, given that these were the oldest samples, and only one individual's tissues were available. The absence of satining in non primate species is consistent with the literature on the specificity of Alu sequences to primates. The most likely explanation for the partial staining in the primates studied is poor tissue fixation or degradation of genetic material due to the age of the samples tested. In our study, the staining did not appear to be dependent on the organ tested. It therefore seems that the Alu probe studied cannot be used as a specific marker for human tissues, particularly in a forensic context.
Les séquences Alu sont un type de séquences répétées présentes au sein du génome des primates. Il en existe plusieurs types dont certains sont spécifiques d'une espèce. Dans un contexte médico-légal, il est parfois demandé de déterminer la nature humaine ou animale d'un organe trouvé, et l'utilisation de sondes pour hybridation in situ reconnaissant les séquences Alu peut permettre de répondre à ces questions. Idéalement, la sonde ne devrait reconnaitre que les tissus humains et pas ceux d'autres espèces primates, notamment les espèces dont la taille est proche de l'espèce humaine (grands primates). L'objectif de ce travail était 1) d'effectuer une synthèse bibliographique sur les séquences Alu et 2) d'étudier la réactivité d'une sonde Alu commerciale sur des tissus de diverses espèces de grands primates et d'autres espèces animales non primates par hybridation in situ afin de déterminer, notamment, si cette sonde Alu permettait de différencier les organes humains de ceux des grands primates. Des prélèvements issus de dix espèces de grands singes et huit espèces non primates ont été inclus dans cette étude rétrospective. Chaque espèce était représentée par deux individus, excepté pour le bonobo et les espèces non primates où un seul individu était disponible. L'hybridation in situ par la sonde Alu a été réalisée par un automate sur des organes fixés au formol et conservés en bloc de paraffine. Tous les tissus de primates, hormis ceux du bonobo, ont été partiellement marqués par la sonde Alu, avec entre 18 et 95 % de cellules positives. Les tissus des espèces non primates n'ont pas montré de marquage par la sonde Alu. Cette étude a montré une réactivité partielle de la sonde Alu commerciale étudiée chez neuf espèces de grands primates : le gorille, le chimpanzé, l'orang-outan, le babouin, le mandrill, le colobe, le macaque, le gibbon et le gélada. L'absence de marquage sur les tissus du seul bonobo étudié est d'interprétation difficile étant donné qu'il s'agissait des prélèvements les plus anciens et que les tissus d'un seul individu étaient disponibles. L'absence de marquage chez les espèces non primates est en accord avec la littérature sur la spécificité des séquences Alu pour les primates. L'explication privilégiée pour la présence d'un marquage partiel chez les primates étudiés est une mauvaise fixation des tissus ou une dégradation du matériel génétique due à l'ancienneté des prélèvements testés. Dans notre étude, le marquage ne semblait pas dépendant de l'organe testé. Il semble donc que la sonde Alu étudiée ne puisse être utilisée comme un marqueur spécifique des tissus humains, en particulier dans un contexte médico-légal.
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