Apport de l'approche syndromique dans le diagnostic rapide des infections urinaires graves et à risque de complication - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2019

Contribution of the syndromic approach in the rapid diagnosis of severe and complicated urinary tract infections

Apport de l'approche syndromique dans le diagnostic rapide des infections urinaires graves et à risque de complication

Abstract

Severe urinary tract infections (UTI) require rapid and targeted antibiotic therapy. To date, the diagnosis of UTI is based on urine culture with antimicrobial susceptibility testing results available in 48 hours. The Unyvero® system (Curetis, Germany) is a multiplex PCR made for the syndromic approach. The Unyvero UTI enables the identification of microorganisms and the detection of resistance genes, in less than 5 hours. The aim of this work was to evaluate the performance of this kit for the rapid diagnosis of severe UTI. 113 urinary samples from patients with severe UTI or UTI with risk of complication were collected in tertiary hospital of Caen and analysed by classical method (culture) and with the Unyvero UTI® kit. Concerning microorganisms identification, performances were good with specificity and NPV at 98.3 % and 99. 9% respectively, but insufficient for sensitivity and PPV, with only 68.7 % and 50.0 %, respectively. Four resistance genes were mainly detected (blaCTX-M, mecA, qnrB / S and sul1) with good values of NPV (63.4 – 100 %) but their presence should not phenotypically be confirmed in many cases (PPV from 8,7 to 94.4 %). Compared to the culture, the Unyvero® UTI kit enables a certain gain of time concerning the result reporting time. This approach is complementary to the culture and should be reserved for severe UTIs that require early antibiotic therapy.
Les infections du tractus urinaires (ITU) graves nécessitent une antibiothérapie adaptée précoce. À ce jour, le diagnostic des ITU est basé sur l'ECBU avec une mise en culture dont le délai de rendu de l'antibiogramme est en général de 48 heures. Le système Unyvero® (Curetis, Allemagne) est un automate de PCR multiplexée dédié à l'approche syndromique. Le kit Unyvero UTI permet en moins de 5 heures l'identification de 25 micro-organismes et la détection de 15 gènes de résistance. Le but de ce travail a été d'évaluer pour la première fois les performances de ce kit pour le diagnostic rapide des ITU. Pour cela, 113 échantillons urinaires de patients présentant une ITU grave ou à risque de complication collectés au CHU de Caen ont été inclus et analysés par méthode classique (ECBU) et avec le kit Unyvero® UTI. Concernant l'identification des micro-organismes, les performances étaient bonnes avec une spécificité et une VPN à 98,3 % et 99,9 % respectivement, mais insuffisantes concernant la sensibilité et la VPP, de 68,7 % et 50,0 % respectivement. Quatre gènes de résistance ont été principalement détectés (blaCTX-M, mecA, qnrB/S et sul1) avec de bonnes valeurs de VPN (63,4 –100 %) mais leur présence n'a pas pu être confirmée phénotypiquement dans de nombreux cas (VPP de 8,7 à 94,4 %). Par rapport à l'ECBU, le kit Unyvero® UTI a permis un gain de temps considérable dans le délai de rendu des résultats. Cette approche est complémentaire de l'ECBU et doit être réservée aux IU graves pour lesquelles l'instauration d'une antibiothérapie ciblée et précoce est nécessaire.
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dumas-02450536 , version 1 (23-01-2020)

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  • HAL Id : dumas-02450536 , version 1

Cite

Agathe Capitaine. Apport de l'approche syndromique dans le diagnostic rapide des infections urinaires graves et à risque de complication. Sciences pharmaceutiques. 2019. ⟨dumas-02450536⟩
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