Depuis de nombreuses années, et notamment lors de mon exercice officinal, je n’ai eu de cesse de m’intéresser au microbiote intestinal, ce monde fascinant, logé au sein de notre corps humain et notre intestin, peuplé d’une grande diversité de micro organismes, que beaucoup appelaient notre deuxième cerveau. C’est pourquoi, tout au long de ce travail je vais tenter de présenter ce microbiote, comprendre son histoire, les moyens nous ayant permis de dresser sa composition, ses fonctions mais aussi l’intérêt thérapeutique que peut représenter sa modulation, et dans quelles pathologies nous avons découvert une utilité de celle-ci. Au moyen de plusieurs ouvrages littéraires et beaucoup de recherche et de tri sur des études ayant explorés ses fonctions, j’ai pu développer dans un premier temps sur notre tractus digestif, le microbiote intestinal en lui-même avec les méthodes d’analyses nous ayant permis d’en arriver là, ses rôles, définir les probiotiques et enfin dresser une liste des pathologies ayant un lien clair avec le microbiote intestinal, tandis que pour d’autres, ce lien est moins évident et peu établi. Il se pourrait que ce ne soit qu'un facteur de plus dans la survenue de ces maladies humaines. Ce rôle est donc clairement établi dans certaines diarrhées et notamment celles associée aux antibiotiques, dans l'obésité et certains troubles métaboliques associés, ainsi que le syndrome de l'intestin irritable. Cependant, malgré les nombreuses études prometteuses, il reste à prouver dans le cadre des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin et de certaines allergies, pour lesquelles, les prochaines années devraient être décisives au vu du grand nombre de recherches engagées. Enfin, je terminerais ce travail par la présentation d’une technique aussi prometteuse que questionnée sur son éthique, la transplantation de microbiote fécal, qui pourrait à terme nous permettre de prévenir de certaines pathologies psychiatriques, de MICI et surtout de répondre au problème des bactéries multi résistantes émergentes.